L'encierro est un évènement ayant lieu tous les matins du 7 au 14 juillet à 8h00. C'est sans doute ce qui a fait la réputation de ces Fêtes à travers le monde, grâce notamment à l'auteur américain Hemingway, qui, inconditionnel de ces réjouissances, les a souvent évoquées dans son œuvre.

L'encierro consiste à lâcher dans les rues de la ville les toros qui seront combattus l'après-midi dans les arènes. Le parcours est immuable, et mesure un peu plus de 800 mètres dans les rues du centre. La veille, les toros auront déjà été transférés depuis les Corrales del Gas (étables) (à quelques centaines de mètres du centre) vers ceux de Santo Domingo, légèrement en contrebas de la ville haute. Cet instant s'appelle l'encierrillo, et a lieu à 23h00, sans coureurs, uniquement en présence des vachers.

Cordon de police avant le début d'une encierro

Le matin, dès 6h00, les volontaires commencent à se rendre sur le parcours : les spécialistes comme les novices. Courir les toros requiert de l'entraînement et une certaine connaissance de la chose. Les habitués connaissent l'exercice. Mais ces coureurs n'échappent pas aux accidents, le toro restant un animal sauvage, et dangereux. Par ailleurs, la foule de plus en plus dense, notamment les jours de week-end, rend de plus en plus difficile la course : bousculades et piétinements sont monnaie courante. La municipalité communique ainsi depuis plusieurs années les consignes à respecter, par voie écrite et orale. D'autres solutions sont à l'étude, visant à sécuriser davantage la manifestation. Les règles essentielles consistent à respecter l'animal, à courir devant lui sans le toucher, sur un segment donné du parcours, et à s'écarter ensuite, afin de laisser place aux autres coureurs.

L'encierro est toujours précédé de la prière à San Fermín, récitée au début du parcours, dans la Cuesta de Santo Domingo, devant une statue du Saint entourée des foulards des seize peñas de la ville :

Coureurs demandant la bénédiction de San Firmin

«  A San Fermín pedimos por ser nuestro patrón, Nos guíe en el encierro, dándonos su bendición (bis) Viva ! Gora !  »

Cette prière est chantée à 7h55, 7h57 et 7h59. À 8h00 pile, au coup de pétard, les portes des corrales s'ouvrent, permettant aux toros et aux cabestros (les bœufs domestiqués servant à les guider) de sortir et de se lancer dans une course à travers la Côte de Santo Domingo, la Plaza del Ayuntamiento, la Calle Mercaderes, la Calle Estafeta, Telefónica et enfin les Arènes. À l'arrivée, les toros sont dirigés vers les étables des arènes où aura lieu le sorteo (tirage au sort des toros, pour les répartir entre les matadores). En attendant, les arènes sont le cadre de jeux de vaches auxquels assistent des milliers de personnes. Il est important de ne pas saisir la vachette par les cornes, sous peine de se faire rouer de coups par les locaux.